Охрана природных комплексов - основная и наиболее важная часть деятельности особо охраняемых природных территорий. Задачи отдела охраны многогранны и требуют от инспекторов разнообразных знаний, навыков и специальной подготовки. В их обязанности входит: сохранение уникальных и типичных природных комплексов, борьба с браконьерством, тушение пожаров, проверка соблюдения режима охраны и санитарного состояния используемых участков территории, сбор платы за посещение парка, а также сопровождение групп туристов, спасательные работы, контроль за соблюдением правил пожарной безопасности и многое другое. Численность сотрудников отдела 40 человек (инспекторский состав 33, инженерно технических работников 7 человек). Территория парка разделена на два участка: Арангатуйский (контора находится в поселке Усть-Баргузин) и Чивыркуйский (контора  в поселке Курбулик).
Кроме этого существует специализированная оперативная группа, численностью 5 человек, состоящая из инспекторов по охране территории национального парка.  Начальником отдела охраны является главный лесничий национального парка (заместитель директора по охране) - Бекетов Александр Иннокентьевич.
Отдел охраны оснащен всеми необходимыми техническими и материальными средствами: авто, мототехникой и водными средствами передвижения (автомобили "УАЗ", "ГАЗ", мотоциклы "Урал", "Сова", снегоходы "Буран", катера типа "Амур" и "Ярославец"), средствами связи (стационарные и мобильные радиостанции "Motorola", стационарные радиостанции "Ангара" и ее модификации), гладкоствольным и нарезным оружием ("Сайга","СКС"), специальными сигнальными средствами, бронежилетами и поясами безопасности.
       Инспектор - главное официальное лицо на территории парка и выполнять его рекомендации и требования обязаны все посетители. Инспектора оснащены всем необходимым снаряжением, авто, мото и водным транспортом и средствами связи. Значительная часть инспекторов проживает непосредственно на территории парка - на кордонах Арангатуй, Ушканьи острова, Большой Чивыркуй, Малые Черемшаны, Монахово, пос. Курбулик. Дирекция парка находится в пос. Усть-Баргузин. Каждый инспектор имеет закрепленные участки - обходы, в пожароопасные периоды организуется дежурство на въезде в парк и патрулирование по установленным маршрутам.

КОДЕКС ПОВЕДЕНИЯ ИНСПЕКТОРА ПО ОХРАНЕ ПРИРОДЫ
при работе с посетителями национального парка "Забайкальский"